SUEN, T.C. Tarım ve Orman Bakanlığı’na bağlı kamu ve tüzel kişiliğine haiz, özel bütçeli bir kurumdur. Merkezi İstanbul’dadır. Bakanlar Kurulu tarafından 10 Ekim 2011’de 6223 sayılı yasaya dayanarak SUEN’in kurulması kararlaştırıldı. 2 Kasım 2011’de Resmi Gazete’de yayımlanan 658 sayılı kanun hükmünde kararname ile SUEN kuruldu.
658 sayılı Türkiye Su Enstitüsü’nün Kuruluş ve Görevleri Hakkında Kanun Hükmünde Kararname (KHK) ile 2 Kasım 2011 tarihinde kurulan Enstitünün teşkilat yapısı ve görevleri 4 Sayılı Cumhurbaşkanlığı Kararnamesinin 33. Bölümü kapsamında yeniden düzenlenerek 15 Temmuz 2018 tarihinden itibaren Tarım ve Orman Bakanlığı’na bağlı olarak hizmetlerini yürütmektedir.